遵义医科大学第二附属医院感染管理科在2019年3月医院开业即成立，同时成立医院感染管理委员会，各科室成立医院感染质量控制小组。当时配备专职人员2人，从事环境监测与医院感染病例监测、研究并采取控制措施预防医院感染。目前共有在岗人员4人，其中副主任医师1人，主治医师1人，住院医师1人，护师1人。

医院感染管理科负责全院医院感染的预防与控制工作，制定医院感染管理制度和流程，不定期的针对医护人员、新进人员、实习生、进修生及工勤人员进行医院感染防控知识的培训，确保制度和流程的实施。每年进行一次医院感染横断面调查，适时了解医院感染控制现状。在全院开展了综合性监测，多重耐药菌监测，手卫生依从性监测，环境卫生学监测，呼吸机相关肺炎、导管相关血流感染、导尿管相关尿路感染监测，手术部位感监测等监测工作，及时发现医院感染危险因素并进行有效控制，避免了医院感染暴发。